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蘇州，吳中，皇帝的旨意和舅父的求情并沒能救得了金大先生的命。
舅母河東君在齊王那里等了半天，等來的卻只一句——“狂生逆法，咎由自取，今不殺不足以明法紀，正綱常。”
在接到齊王手諭后，江蘇巡撫蔣國柱和蘇州知府閻紹慶便立即將金圣嘆、丁冠中等一干秀才捕拿歸案。不過因蘇州士紳和百姓反應激烈，金圣嘆等人背景又復雜，蔣國柱擔心南都會有干涉，此案可能會大事化小，小事化無。若那樣的話，他早早將人殺了，未免不妥，于是未敢當即就將人處決，而是等了幾日。
果然，哭廟案傳到南都后，引南都朝堂軒然大波，百官紛紛上疏，要求皇帝赦免為民請愿的秀才們，更有江南出身的官員上書朝廷，直指“清欠催征”乃惡法，所用之人又皆為酷吏，非但不能為朝廷增加錢糧賦稅，反而激起民變，致使百姓對朝廷離心離德。
一日之內，連上72道奏疏，堪稱國朝始立以來第一。
大儒黃宗曦上書，稱清欠一事古所未聞，實乃當世第一荒唐事，若不早停，必危及大明中興之業。又指吳中秀才聚而哭廟，乃大明養士兩百多年之德政，更是地方監察官府不法之事之習俗，絕非聚眾謀亂，因此將其定為逆案，實是黑白不分，是非不明。
次輔連城壁亦憤而上書，指江南剛剛恢復，正是安民養生之時，朝廷此時不攬人心，反而對士紳百姓行橫行暴斂之事，豈不是自喪人心，將讀書人和百姓逼到滿清那邊去。倘哭廟案坐實，則天下人心便不在明。
連城壁上書的次日，定武帝便下詔命停清欠催旨，更給在鎮江養傷的齊王周士相去旨意，嚴斥于他。
皇帝動怒，官紳群情洶涌，人人都道周士相必會退讓，可不曾想清欠之事非但沒有罷停，反而越演越烈。
周士相先以安徽軍務緊急為由，督請定武帝派連城壁督師安徽、河南，將其調離南都。后以齊王名義委任降官張長庚、幕下汪士榮等辦清欠衙門，不但分駐各省催征，更于府、縣設其分機構，該衙門除聯絡地方官府外，更可聯絡當地駐軍。一時之間，清欠二字，聞者變色。江南兩岸，為清欠衙門所逼者，以數萬戶計。
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