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梁夢龍見氣氛有些凝重，忙出列道：「瑤泉先生所言甚是！」眾臣見首輔定調，紛紛跟著點頭稱是。
申時行微微一笑，向朱翊鈞躬身奏道：「如今天下，理學難以與時俱進，其他則眾說紛紜。人心不聚何以聚天下？陛下御極以來，多次對翰林院諸臣工于辭藻，不善實務提出批評。奏請陛下日后如今日般常開經筵，令諸翰林校書復古，將道本、善惡、性命、興衰等道理探究明白，明示天下。從而使朝野之間"有處有辨、新舊相除"，以輔變法大業，復興華夏真道統！」
所謂「新舊相除」是王安石提出的哲學命題。
王安石認為，陰陽兩種對立的物質或勢力相互作用，推動了新舊事物的更替。舊事物不斷轉化為新事物，新事物又逐漸變為舊事物，構成了永恒的運動變化。
而處是對事物的處理，即行動；辨是對事物的辨別，即認識。在人類社會的不斷發展中，「有處有辨」，同樣進行著「新故相除」的過程。這意味著社會制度、法律、文化等都需要隨著時代的變遷而不斷更新和完善。
王安石變法雖算不得成功，但其「新舊相除」思想對后世哲學影響頗大。申時行此時提出這一論點，再次證明他對朱翊鈞引用后世圣哲思想的研究已經到達相當深入的程度。同時，他欲從意識形態入手，爭奪變法主導權的心思也暴露無遺。
而「復興華夏真道統」一說，更顯現出他的視野層次已達高峰，給人以超凡脫俗之感。
朱翊鈞聞言點頭道：「先生說的是。變法前翰林乃侍詔之臣，大學士更堪比諸位總理大臣。變法后，遲遲未給翰林院在朝廷中準確定位，此朕之過也。今后，翰林院從禮部獨立出來，掌院從二品，就由先生分管，可將改革思路條陳奏來，再議。」
申時行回奏道：「臣領旨。」微笑歸座。
大變法后，翰林院、司禮監的職能被皇帝侍從室極大弱化，除了修國史、起居注、制典章等之外，并無其他事務。再加上「宰相必起于州郡」一說代替了「非翰林不得入閣」的規則，翰林院從一個人人向往之處，變成了一個可有可無的邊緣機構，被禮部很隨意的管著。
如今被申時行一番奏請，在場諸人也看不懂這翰林院將在朝廷權力機構中走向何處，在沒想明白之前，也無人阻撓。只有禮部尚書沈鯉，感覺仿佛丟了什么重要東西。
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