崇禎皇帝怒，命禮部進(jìn)錢千秋卷，閱畢責(zé)錢謙益，錢謙益引罪。崇禎皇帝嘆曰：“微溫體仁，朕幾誤！”遂叱章允儒”挾私多欲，結(jié)黨營私”，王永光給章允儒求情，說他只是一時(shí)失言；崇禎帝斥責(zé)王永光道：“糊涂，章允儒挾私多欲，卿等難道看不出么？”崇禎帝遂將章允儒下錦衣衛(wèi)獄，罷官削籍。

    崇禎皇帝思索片刻后，又?jǐn)M了一道旨意：“錢謙益關(guān)節(jié)有據(jù)，結(jié)黨營私，祖宗成法，朕不敢違，著革職查辦，速將錢千秋逮捕歸案，命法司嚴(yán)審！”

    崇禎皇帝掃了一眼群臣道：“卿等因?yàn)槿绾危俊比撼紓兊溃骸罢?qǐng)皇上息怒，會(huì)推閣臣本是件好事，如今反倒處分錢謙益，恐怕與會(huì)推事有些不便！”崇禎皇帝怒道：“朕命輔臣們?nèi)和崎w臣，對(duì)愛卿們何等信任，如今反倒推出錢謙益這樣的人！”

    看崇禎皇帝余怒未消，群臣們不敢再多言，崇禎皇帝道：“皇祖朝閣中也就一員，如今雖然天下不安，韓爌任首輔，有二、三員也就夠了，會(huì)推這件事暫時(shí)停了，不用再報(bào)名單了。”

    群臣們都保持沉默，無助溫體仁者，獨(dú)周延儒奏曰：“會(huì)推名雖公，主持者止一二人，余皆不敢言，即言，徒取禍耳。且千秋事有成案，不必復(fù)問諸臣。”崇禎皇帝贊許的望了周延儒一眼，宣布退朝。

    章允儒及給事中瞿式耜、御史房可壯等，皆坐錢謙益黨，降謫有差；御史毛九華劾溫體仁居家時(shí)，以抑買商人木，為商人所訴，賂崔呈秀以免。又困杭州建逆祠，作詩頌魏忠賢。崇禎皇帝命浙江巡撫核實(shí)；御史任贊化亦劾溫體仁娶娼、受金，奪人產(chǎn)諸不法事。崇禎皇帝怒其語褻，貶一秩調(diào)外。溫體仁乞罷，因言：“比為錢謙益故，排擊臣者百出。而無一人左袒臣，臣之孤立可見。”

    崇禎皇帝再召內(nèi)閣九卿質(zhì)之，溫體仁與毛九華、任贊化詰辯良久，言二人皆錢謙益死黨。崇禎皇帝心以為然，獨(dú)召大學(xué)士韓爌等于內(nèi)殿，諭諸臣不憂國，惟挾私相攻，當(dāng)重繩以法。溫體仁復(fù)力求去以要崇禎皇帝，崇禎皇帝優(yōu)詔慰答焉。已，給事中祖重曄、南京給事中錢允鯨、南京御史沈希詔相繼論溫體仁熱中會(huì)推，劫言者以黨，崇禎皇帝皆不聽。

    法司上錢千秋獄，言錢謙益自發(fā)在前，不宜坐。崇禎皇帝詔令再勘。溫體仁復(fù)疏言獄詞皆出錢謙益手。刑部尚書喬允升一怒之下，召集大理寺卿康新民，太仆寺卿蔣允儀，府丞魏光緒，給事中陶崇道，御史吳甡、樊尚璟、劉廷佐等人共同審理錢千秋案，又請(qǐng)了二十多名各部的官員旁觀，更允許群眾參觀整個(gè)審理過程。

    自天啟元年科舉案發(fā)后，到如今的崇禎元年，已過去了七、八年的時(shí)間，錢千秋一直沒有回浙江，留在京城靠著教書維持生計(jì)；如今已是“老態(tài)龍鐘”、疾病纏身的錢千秋，那里還得看出來當(dāng)年也是個(gè)“意氣風(fēng)放”的風(fēng)流才子，此番被錦衣衛(wèi)奉旨逮拿在案，錢千秋早就嚇得渾身發(fā)抖，面色慘白。

    可是讓錢千秋更加感到懼怕的還在后面，上了大堂，他放眼望去，皆是衣冠禽獸，在京師呆久了，錢千秋也能分辨出這些官的大小，那個(gè)領(lǐng)頭的居然是穿著緋袍，補(bǔ)子上繡著仙鶴，赫然是位一品大員（刑部尚書），還有眾多二品、三品的大官……等等;錢千秋腦袋一陣發(fā)暈，自己這是犯了什么大案了，居然要這么多大官公開審理?

    就在錢千秋還在發(fā)暈的時(shí)侯，刑部尚書喬允升一拍驚堂木，喝道：“錢千秋，你速把天啟元年的那件科舉案從速招來！”錢千秋聽到是那件科舉弊案，反倒放心了，于是將當(dāng)年的情形一五一十地說了出來。

    原來明代的科舉，因?yàn)橹辛伺e以后，可謂“名利雙收”；因此各種針對(duì)科舉的舞弊手段是“層出不窮”；這其中就有專門賄賂考官、泄露考題、打通各個(gè)關(guān)節(jié)的團(tuán)隊(duì)；當(dāng)時(shí)只是個(gè)秀才的錢千秋，多年來一直沒有考取舉人，又不愿意中途放棄科舉之路，這次又來到杭州參加會(huì)試；說起來，也算錢千秋倒霉，他正好遇到徐時(shí)敏、金保元兩個(gè)騙子，他們謊稱是主考官錢謙益的門生，只要掏出二千兩銀子，就可以讓錢千秋中舉，錢千秋本來也是半信半疑，可是聽說中舉后才收錢，也就欣然同意，雙方于是立下字據(jù)為憑。

    徐時(shí)敏、金保元還“煞有其事”的讓錢千秋將“一朝平步上青云”書寫在每段文章的結(jié)尾，如此一來，主考官錢謙益看到，就會(huì)將其錄取了；錢千秋等到發(fā)榜之日，發(fā)現(xiàn)自己真的中了，做了“夢寐以求”的舉人老爺，還以為徐時(shí)敏、金保元真的起了作用；等那股興奮勁過去，錢千秋仔細(xì)看卷子，發(fā)現(xiàn)錢謙益只取了第五名，另外一位考官反倒取了第三名，他才知道被徐時(shí)敏、金保元欺騙了。

    錢千秋于是拒絕付銀子給徐時(shí)敏、金保元，徐時(shí)敏、金保元那肯與他善罷甘休，拿出字據(jù)揚(yáng)言要揭發(fā)他，錢千秋抱著息事寧人的想法，湊了幾百兩銀子給徐時(shí)敏、金保元，徐時(shí)敏、金保元收了銀子，仍然不肯放過他，錢千秋在家鄉(xiāng)呆不下去，于是到京城來避禍，沒想到徐時(shí)敏、金保元竟然也跑到京城來追債，一時(shí)間，這件事鬧得“沸沸揚(yáng)揚(yáng)”。

    當(dāng)時(shí)，吏部按照歷年慣例，抽取浙江的試卷進(jìn)行復(fù)查，此程序也稱做磨勘，負(fù)責(zé)此事的官員看了錢千秋的卷子后，也發(fā)現(xiàn)有問題，于是將這起作弊案揭發(fā)出來；刑部聞聽此案，立即將錢千秋、金保元、徐時(shí)敏一干人犯捉拿在案，經(jīng)過審訊后發(fā)現(xiàn)金保元、徐時(shí)敏與錢謙益并無瓜葛，純屬詐騙錢千秋錢財(cái)。

    刑部最后結(jié)案陳詞為：錢千秋革去舉人功名、發(fā)配邊疆，金保元、徐時(shí)敏因?yàn)楫?dāng)時(shí)已死在獄中，不再追索，錢謙益作為科舉主考官，只顧著游山玩水，吟詩作賦，負(fù)有失察之過，予以罰俸三月的處分，因?yàn)榇税福X謙益先是上疏自劾，后來又被魏忠賢指使言官顧其仁將其彈劾回籍。