實際上，則是林真希進入了魔女之夜即將到來的見瀧原，撕開魔法結界，闖入了魔法少女與魔女戰斗的場地，接觸到了已經成為魔法少女的鹿目圓和其他幾位魔法少女。林真希魔女的身份起初讓魔法少女們感到緊張，但誤會很快解除，林真希的“魔女”與魔法少女的敵人“魔女”并不是一個概念。
丘比對林真希的存在很感興趣，但因為林真希“年紀太大了”，它沒有開口讓林真希成為魔法少女。
林真希在發現魔法少女們將靈魂放置于寶石當中并將其佩戴在身上后立馬感覺到了這樣做的不妥，勸說魔法少女們采用更穩妥的方式保存自己的靈魂寶石，但由于魔法少女使用悲嘆之種凈化靈魂寶石的污染時必須將靈魂寶石拿在手中的關系，她將靈魂寶石藏在身體內部的提議并沒有被魔法少女們采納。
曉美焰單獨約見了林真希，袒露自己時間操縱者的身份，并質問林真希為什么沒有出現在以前的時間線。
林真希聽不懂曉美焰在說什么，而曉美焰卻認為林真希是和自己一樣的時間操縱者，直接暫停了時間，準備對林真希動手。
因為魔力屬性的關系，時間暫停對林真希的效果大打折扣，并在林真希激活魔力之后完全失效。曉美焰被林真希制服，認定林真希也是時間操縱者并且比自己更加強大，于是完全放棄了抵抗。
林真希從曉美焰的口中得知魔女之夜即將降臨的消息，由于擔心魔女之夜摧毀見瀧原時將自己的委托目標一并殺死，林真希答應曉美焰一起對抗魔女之夜。
魔女之夜還沒有到來，魔法少女組合卻首先發生了意外，美樹沙耶加靈魂寶石遭到徹底污染變身為魔女，被曉美焰消滅。巴麻美通過魔女身上的特征發現了魔法少女會成為魔女并死去的真相，精神崩潰向佐倉杏子發動了攻擊，并在繼續試圖攻擊曉美焰時被鹿目圓殺死。
見瀧原所屬的五位魔法少女轉眼就剩下了兩個，林真希雖然瞠目結舌卻也無奈的接受了現實。為了應對接下來即將到來的魔女之夜，林真希提議召集其他城市的魔法少女，但曉美焰表示這個方案她曾經試過但無效。作為替代方案，曉美焰決定盜取核彈對魔女之夜進行轟炸，同樣遭到擔心見瀧原遭受波及的林真希否決。
此時本已消失多日的丘比突然出現，提議林真希也成為魔法少女，并坦言林真希作為魔法少女的資質無比強大，擁有戰勝魔女之夜的可能。因為已經得知了魔法少女的真相，林真希毫不猶豫的拒絕了丘比的提議。
曉美焰決定在海上狙擊魔女之夜，因作戰地點遠離見瀧原，林真希放棄反對意見并幫助曉美焰盜取了數枚核彈。因為魔法的掩護，核彈的失竊并沒有在世界上引起太大的動蕩。
決戰之日最終來臨，化身風暴的魔女之夜逐漸靠近見瀧原，林真希與其他兩位魔法少女在見瀧原外海域建立魔法陣地，對魔女之夜進行狙擊。伴隨著幾枚核彈頭的爆炸，魔女之夜自天空隕落，沉入大海。然而就在大家慶祝成功的時候，魔女之夜再一次從海中升起，并且顛倒的人偶移動至上部。
魔女之夜開始以暴風一般的速度向著三人沖刺，三人的反擊完全無法阻攔魔女之夜的沖鋒，不得不通過曉美焰的時間暫停暫避其峰，而魔女之夜則在加速朝著見瀧原沖去。
正在三人商量對策時，丘比突然現身，透露魔女之夜完全免疫非神秘攻擊，對神秘系攻擊也有極高減免的信息，并再一次誘惑林真希成為魔法少女，因太過聒噪而被林真希殺死數次。
魔女之夜掀起的風暴毀滅了見瀧原，鹿目圓陷入崩潰，靈魂寶石遭到污染化身巨型魔女，如同無數的根連綴而成的樹一般屹立于星球之上。鹿目圓化身的魔女力量完全碾壓魔女之夜，輕松將魔女之夜吸收，并繼續開始吸收整個地球的生命。
林真希只好使用魔女之書，借用帕秋莉老師的力量，化身“避世的七曜賢者”。利用書頁的力量，林真希成功將鹿目圓所花的魔女封印，但因自身魔力不足，她也陷入了油盡燈枯的絕境，陷入昏迷，失去了抵抗曉美焰的時間操縱的能力。
曉美焰意識到本次輪回再一次失敗，發動了時間回溯。因為這一次時間回溯的時間早于林真希的委托目標穿越過來的時間，穿越者被彈出這個世界，林真希的委托任務被動完成，而林真希也因為時間回溯的原因，記憶消失，離開了這個世界，只剩下了魔女之書上留下的兩張職業模板。