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    宗教裁判所（theinquistion）并非西班牙首創，其初始用意也不是施行宗教與社會恐怖。“inquisition“這個詞的意思很簡單，即“官方、司法審訊”，在此語境下，宗教裁判所意指羅馬天主教會對可能的異端行為進行審訊。

    不過此時宗教裁判所并無意，事實上也的確沒有權力對受審嫌疑人進行肉體殘害。對異端的標準懲罰是侮辱性的苦行，比如被迫去某一圣地朝圣，或在長袍上縫上一個“十”字。只要受罰之人矯正了罪愆，且做了適當的自我懲罰，恥辱便得到了洗刷，他們會重新被教會接納。只有在極少數情況下，即異端者拒絕承認他們的錯誤，或繼續堅持傳播異端邪說時，才會將他們交由世俗政府進行司法審判和懲罰。

    紀伯納（bernardogui）是一名多明我會修士、宗教審判官。1307~1324年，經他判定的異端分子多達1000人，他還把自己的工作方法和經驗詳細記錄下來，集結成一本394頁的煌煌巨著《審判異端指南》（theconductofinquiryconcerninghereticaldepravity）。該書總共5章，前3章討論程序問題，比如審訊疑犯的程序以及怎樣組織法庭。第4章是對有關羅馬教皇告諭如何界定宗教裁判所權力的老調重彈。最后一章詳細闡述哪些行為構成異端罪——至少在他看來是這樣。這本早期教會的暢銷書最有意思之處，在于教導宗教審判官如何向可疑的異端問訊。正如現代社會的知名律師所慣用的伎倆一樣，永遠不要讓證人掌握主動權。提出的問題應該盡可能地刁鉆古怪且布滿陷阱，回答時稍有疏忽就可以給無辜的人貼上異端的標簽。

    在此過程中關鍵是讓證人思維混亂、失去判斷，諸如“西班牙椅子”只是一種輔助，由此奠定了宗教審判所的基調。

    到了1401年，也就是圣殿騎士團解散后70年，國際性的宗教審判所開始成型，刑訊和神判裁決也被廣泛應用了。

    為提高鎮壓效力，他們鼓勵民眾與當局合作，檢舉、揭發鄰居、友人、家庭成員中的可疑分子。一旦被告發，程序是一成不變的，無論證據看起來多么荒誕不經，都會被宗教審判官仔細審查，以決定該證據是否充分到可以進行逮捕。為了保證告密者不受公眾譴責，他們的名字和裁判所其他程序一樣，總是秘而不宣的。

    當逮捕令發出后，一群宗教審判官、牧師和全副武裝的士兵沖到疑犯家里——通常是在深夜。若疑犯拒捕，那么他們會把他結結實實地捆起來，當疑犯被關在宗教裁判所的地牢里時，他們的財產會被沒收，對此，官方的說法是財產用來支付他們在監禁和審訊期間產生的費用。

    因懼怕酷刑折磨，被告發的人當然情愿招供，但是大多數情況下他們并不清楚自己因何被指控，因而不可能坦白或者進行自我辯護。在初審結束后，疑犯被拖進用黑色布幔圍得嚴嚴實實的地下室，在房間另一頭的桌子后端坐著一名宗教審判官、一名監察員、一位秘書。還有通身一襲黑袍、只露出兩只眼睛的施刑人，肅然立于其旁的是眾多可怕的刑具。這些人都知道一個事實，而受刑人卻絲毫不知，即接下來的酷刑折磨將分為5個不同的階段，首先，對疑犯進行口頭恫嚇，告知他將被施以酷刑。其次，向他展示刑具。第三，蒙上嫌犯的眼睛。第四，施行酷刑。最后再給他一次坦白的機會。如果此時他仍然堅持自己是清白的，那么就對他無限制地反復施行第4步和第5步，直到他或她認罪，或死掉。這一程序不分年齡、性別、社會地位，通用于所有人。施刑的種類與方式的選擇完全是隨機的，唯一的決定因素是審判官和監察員的情緒，以及手頭上可以利用的酷刑設施。在缺少精巧的刑具時，審判官非常樂于使用備用的古老刑具——鞭子和長繩。一個葡萄牙書記員的文字記錄了鞭笞在宗教裁判所是多么普遍。

    在1535年之前，西班牙在歐洲人眼中都是窮鄉僻壤，盡管哥倫布發現了新大陸的消息傳遍了“世界”，而且還帶回了大量安第斯文明的金銀，產生的收益依舊不能平衡航海的支出。

    西科斯特斯四世教皇雖同意了西班牙建立宗教審判所，但他一直忙于教廷內斗，無暇去管西班牙宗教審判所內發生了什么。

    但距離再遠，一些消息還是不可避免地傳入教皇的耳朵里，于是教皇去信給斐迪南，讓他對宗教審判所進行整頓，“許多真誠虔敬的基督徒，由于受到敵人、對手、奴隸和其他劣等人的不正當指證，在缺乏任何調查的情況下，被囚禁在世俗監獄里，像一個頑固的異教徒那樣備受酷刑折磨和譴責，他們被剝奪財產，交到世俗當局手里處死，這毒害了他們的靈魂，也為公眾樹立了一個有害的惡例，招致多數人的反感憤慨”。
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