在茫茫宇宙中。有一個世界叫‘寶可夢世界’。寶可夢世界是一個獨立在現實世界的地方。

    在神奧傳說中，整個宇宙，包括寶可夢世界，以及世間萬物和所有平行宇宙，都是由一位名為阿爾宙斯的寶可夢創造的。

    阿爾宙斯從虛無之地的一顆蛋中誕生，是第一只出現在虛無中的寶可夢。接著阿爾宙斯創造出帝牙盧卡、帕路奇亞、騎拉帝納，由此誕生了時間和空間的概念。

    阿爾宙斯分別給了帝牙盧卡與帕路奇亞掌控時間與空間的能力，而騎拉帝納則有掌控反物質的能力，它存在于反轉宇宙中。

    接著，在寶可夢世界誕生初期，阿爾宙斯又創造了湖之眾神亞克諾姆、由克希、艾姆利多，分別代表共存在現代的人類和寶可夢之中的意識、知識與感情。它們生存在今天被稱為立志湖，睿智湖，心齊湖的湖泊的異空間里，被稱為湖中的傳說寶可夢，即三圣菇。

    完成創世的阿爾宙斯進入到自己居住的宇宙中，陷入沉睡，這期間，在寶可夢世界的大自然中孕育出了夢幻，它包含了未來存在的全部寶可夢的遺傳基因，并不斷演化分化產生了后世的所有寶可夢。因此，夢幻又被稱作‘寶可夢的始祖’。

    又過了好多年，深海海溝壓力誕生出了蓋歐卡，地底巖漿中誕生出了固拉多，臭氧層的礦物誕生出了裂空座。

    最開始三只神獸相安無事，直到蓋歐卡和固拉多開始了擴張海洋與陸地，兩者為爭奪世界之初的優勢而進行了曠日持久的激烈戰斗。最終在天上的裂空座看不下去了，下來平息了戰斗，蓋歐卡和固拉多則回到了海底洞窟與煙囪山陷入長眠。可以說，這三只神獸是相互制衡的關系。而世界也因為他們的爭斗，在海面上形成了一塊塊大陸。例如阿羅拉的幾塊島嶼也在其中。

    此時的阿羅拉還是一片黑暗，這時光輝大神出現了，給予了阿羅拉光明，光輝大神全身放出的光會對生物和自然發生作用，造成各種各樣的影響，隨后它就消失了。也許這片光明不僅僅是給予了阿羅拉，而是給予了整個寶可夢世界。

    在究極日月中奈克洛茲瑪一直都沉睡在地下。據說是因為貪婪的人們奪走它所有的光后，將它囚禁在了究極大都會中。

    至此，世界有了光，生靈開始慢慢變多了。

    幾十億年之后，史前時代到來，人類也開始慢慢誕生。從創世時代就開始存在的寶可夢變得越來越多，此時的寶可夢多半以史前形態存在著，比如化石盔，鐮刀盔，化石翼龍。這些神奇寶貝在世界上生活了約兩億年。

    大約在兩億年后，因為隕石撞擊地球，大部分寶可夢滅絕，只有鳥類神奇寶貝始祖小鳥和原蓋海龜存活了下來，并據此繁衍出了新的現代寶可夢體系。

    隨著時間的不斷推移，寶可夢一代一代地進化著。地球也在這時迎來了冰河時代。冰河時代的到來，使神奇寶貝的數量再次大幅減少。

    此時世界上已經有了人類。那時的人類非常崇拜傳說中的神奇寶貝，尊稱它們為神獸，甚至向它們祭祀和禱告，比如炎帝和鳳王。值得一提的是雷吉奇卡斯。人類當時很崇拜雷吉奇卡斯，但是后來發現雷吉奇卡斯強大的力量是對世界的威脅，因此封印了他。雖然封印了雷吉奇卡斯，但是人類不知道的是，一個更加黑暗的時代即將到來。

    幾千年之后，一場殘酷的戰爭在卡洛斯地區上演。那場戰斗使無數的寶可夢喪生。當時卡洛斯地區的國王az的花葉蒂也喪生在戰斗中，在憤怒和悲傷之下，az制造出了終極武器，并且向對方開火，以此強行結束了整場戰爭。終極武器太過強大，撕裂了時間和空間，創造出了兩個平行世界。

    在其中一個平行世界中，終極武器強大的力量傾瀉在了幾顆特別的石頭里，這就是mega進化石的由來，也是mega進化的開端。而在另一個平行世界中，卡洛斯地區的戰爭從一開始就沒有發生，終極武器根本就沒有制作。

    1000年之后，由于mega進化石的影響，在豐緣地區，蓋歐卡和固拉多從上古時代的沉睡中蘇醒過來，并且為統治世界展開了戰斗。后來在裂空座試圖對蓋歐卡和固拉多之間的戰斗進行干預，這也導致了裂空座第一次的mega進化。mega進化之后的裂空座力量大增，終于平息了蓋歐卡和固拉多之間的戰斗。

    而人類通過收集各種寶可夢，與它們達成契約，并創造出了名為‘寶可夢聯盟’的機構。每個地區都會有一個寶可夢聯盟。漸漸的，寶可夢變得離不開人們的生活。

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