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大都督府已經由鎮江遷到南都，衙所設在原兩江總督衙門所在。隨著憲令改制的推行，南都再一次成為權力中心。鎮江那里則為第五戰區指揮機構臨時駐地，負責新二軍和新三軍的訓練作戰事項。
內閣由六大學士理政，首輔仍為文淵閣大學士郭之奇、次輔為華蓋殿大學士張煌言、群輔為東閣大學士洪育鰲、武英殿大學士丁之相、謹身殿大學士袁廓宇、文華殿大學士扶綱。品階皆定正一品。
六部改制動作并不大，只將原兵部職能歸入大都督府，新設學部和庫部，其它各部職事不變。
學部組建之后，以原永歷朝廷大學士扶綱為學部尚書，主管中央至地方的學堂教育事，并主持兩年一次的會試。
扶綱是崇禎六年舉人、七年進士，郭之奇則是天啟七年舉人、崇禎元年的進士，所以資歷上扶綱比郭之奇低了些。不過在永歷朝廷，郭之奇一直在外聯絡招募兵馬抗清，扶綱則始終伴隨永歷，并且出任過次輔。當年李定國從安龍將永歷遷到昆明時，便曾有意由扶綱出任首輔，后因清軍大舉入滇，此事遂罷。
扶綱出掌學部，并用入閣理事，是周士相對扶綱一直以來堅持抗清的表彰，也是對以扶綱為首的原永歷朝官給予的酬勞。
自扶綱以下，大量從安南歸國的原永歷朝官們陸續在六部及宮務院、地方任職，這批官員相對于南都原有官紳，無疑是周士相的天然擁護者。因為若不是周士相，他們很可能已經死在云貴的茫茫叢山之中，又或被清軍捉獲。相較生活還算安定的江南士紳，這批永歷朝官們可謂是經歷過生與死，希望和絕望。他們對于時局的演變有著切膚認知，對于國家遭受的苦難更是比別人多了終生難忘的記憶。
有人擔心周士相大量啟用原永歷朝官，會使得朝堂中“擁桂”力量再次壯大起來，將來會成為隱患。對此，周士相不以為然，因為他很清楚，這批官員之所以會流落到安南，原因就是他們對朱由榔這個天子感到絕望。若非如此，他們也不會辭官棄印，脫離朱由榔。
因而，沒有人比這批永歷朝臣們更知道皇帝無能懦弱對于國家的危害性，從朱由榔倉皇從昆明南奔之日起，扶綱等人已經算是徹底的“棄桂”派了。再讓他們投身于“擁桂”運動之中，只怕已經無一人再肯。
再者，扶綱等人當初回國之后必立即證明永歷冊封周士相為齊王事為真，這件事也已表明他們的態度。至少，不管是出于何種目的，這批永歷朝官們是真心希望周士相能夠掌舵大明這艘已經破爛的大船的。
雖然這批永歷朝官們或多或少存在著種種問題，并不符合周士相心目中的“新官員”形象，掌握的治政能力也仍待提高，但他們的資歷和態度卻是周士相現在不得不倚重的。
現在經由廣東培養出的那些官員們大多太過年輕，冒然提拔他們入“中央”理事，有些拔苗助長。
周士相不會拔苗過急，他有耐心，也有時間，等著年輕人一步步成熟，一步步取代舊官員成為新興大明的骨干力量。
他自己就很年輕，今年也不過34歲。
庫部由原戶部分拆而來，主掌理財諸事。原太平軍公庫及各地銀庫皆歸入庫部主管，并負責糧票發行事宜。庫部尚書人選在公布之后，引來了不少非議，因為擔任庫部尚書的正是原永歷朝廷內閣首輔馬吉翔的女婿楊在。
楊在和馬吉翔還有皇親王維恭是“咒水之難”唯一幸存的三位明朝官員。馬吉翔在四川遭亂軍所殺，王維恭則在桂陽光復之后隨王皇后等前來南都，并無實際差遣在身。
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