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擁清士紳和教民的暴亂僅僅持續了不到二十天，便被迅速反應過來的太平軍一一平定。
和組織嚴密，又久經沙場的太平軍相比，匆匆組織且缺少武器和訓練的亂民甚至連土匪都不如。事實證明，如果不是受限于這個時代的信息傳遞，以致沒能提前鎮壓，恐怕在一開始，參與起事的士紳和教民首領就會被全部擒殺。
鎮壓最殘酷，受損也最嚴重的就是松江。周士相在松江呆了七天，直到最后一個教民被亂刀砍死，為首的教首腦袋都被砍下嗆上石灰，快馬送往各地傳首后，周士相才從被大火焚毀的教寺離開，前往蘇州。
抵達蘇州的當日，周士相即召江蘇巡撫蔣國柱，痛罵后者一番后，發起鎮反運動的命令從江蘇巡撫衙門發出。
鎮反運動嚴酷打擊參與叛亂的江南士紳，將好不容易從三大案中茍喘下來的士紳勢力幾乎連根拔起。以致江南百姓竟是不敢再送子弟進學，唯恐讀了書后會被太平軍綁去砍頭。而那些散居在江南各地的教民，也被官兵一一包圍，進行甄別。教寺紛紛被拆除，面對太平軍的屠刀，教民選擇順從。他們無力也無膽再敢反抗，因為傳首而來的教匪首級不是假的。
甄別過程，同樣充滿血腥。一些被教匪禍害嚴重的地方甚至發生了沒有官府組織的報復性行動，仇殺過后，江南的教民人數直線下降，已不足原先的三成。甄別過后，則是新教寺法令的出臺，大量經師被剝奪了傳教資格，解往南都大教寺學習，此生永世不得還俗。
鎮反運動雖以張長庚為主，但實際指揮的卻是在廣東有過鎮反經驗的汪士榮。
汪士榮守衛昆山有功，這回直接被周士相破格提用，加都察院右副都御史銜，實際負責江南鎮反。
汪士榮再得重用，自是一展胸中抱負和本事，短短半月，經他之手簽殺的士紳讀書人高達千余人。北逃不果的探花郎葉方藹及其父葉天成被定為“叛國罪”，先于昆山老家游街示眾，后于蘇州府城公審。公審之后，當眾處斬。一些迷信的百姓在得知探花郎被處斬后，竟從四面八方趕來，只為能夠得到一點探花郎的血回家給親人治病。
因為這一次的暴亂嚴重影響了周士相的北上計劃，并且致使各府損失嚴重，周士相嚴令鎮反必須要重典，徹底除患。這使得許多原本只當判刑或徒放安南的士紳都被處死，并且汪士榮又大搞株連，如父謀逆子處死，子謀逆父處死。一家但有一人參與謀逆，則舉家盡誅。并鼓勵百姓揭發，一時之間，江南無數人頭落地，血腥恐怖。
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