周士相總想在有生之年把事情都辦好，結果卻是很多時候沒有考慮到時代特征和現實。有句話說的好，理論要和實際結合才有效，脫離了實際的理論，構思再好，都是惡政。
農民不識字，識字的又是太平軍的天然對立面，在無法以自身培養出的官吏全部取代舊士紳，并且扶植屬于太平軍的新軍功階層前，引導新占領區百姓成為其中一分子，并且享受好處，成為新的統治階級前，一昧強制推行相較時代而言很“激進”的政策，必然會引南橘北枳的后果。
讀書人好殺，一個金圣嘆看著算不了什么，幾個探花榜眼也沒什么大不了，一大堆進士、舉人老爺的帽子更不被周士相放在眼里，可江南的百姓卻看重，卻將他們當回事！
百姓不識字，想要改變命運，就拼命供養子弟讀書，好讓他們成為讀書人一員，成為士紳一員，成為家鄉宗族力量一員。這，上千年來都是農民改變命運的唯一途徑，也是人人羨慕，人人稱頌的好事；但，太平軍一到，那些人人羨慕，人人敬仰的對象卻一個個進了大獄，可以庇護自己的宗族也被摧毀，這顯然，讓人心亂了。
太平軍能夠在廣東、廣西甚至江西等建立有效統治，成功的前提是因為那些省份的人口大量死于戰亂和清軍屠殺。僅廣東一省而言，全省不過百余萬人口。這百余萬人口又分散在那么多府縣，有的一縣之地不過幾千人。人口少，土地多，太平軍本身很多軍官和士兵又是廣東本省人，士兵家眷也多，將他們安置在各地和當地人結合，自然能夠有效的建村設鄉，成立基層政權。
江南卻不同，人口數百萬之眾，甚至于有近千萬之眾，而參加太平軍的新兵卻不足萬人，涉及到的家庭數量只有幾千戶。顯然，這點和太平軍搭上關系的家族無法改變根深蒂固的舊勢力對地方的影響。那些被當地人視為外人的鄉長、村長們也得不百姓擁護，哪怕他們是在為當地人謀利，可在大量讀書人對定武朝廷，對周士相和太平軍不滿的前提下，官府出行的有利于百姓的政策和榜文在讀書人的解讀下都成了苛政。
不相信“外人”，只相信家鄉人，只相信讀書人的江南百姓哪怕迫于壓力服從了太平軍委任的官吏，參加了當地的保安隊伍，可真當有事生時，所有的一切就變得十分脆弱。
松江等地的基層力量在暴民起事面前不堪一擊，甚至都沒有半點反應，就是這個后果的典型表現。很多村莊，當教民殺過來時，百姓們不是想到團結在鄉村長身邊反抗，而是一跑了之。一些地方甚至現了百姓不去尋求官府，也不去尋找當地保安小隊，而是去找那些被打擊過的士紳和宗族力量，結果這些宗族力量和士紳卻帶著他們一起造反。
歷朝歷代，宗族本身就是漢人自保的一個強有力，也十分有效的手段。只要宗族在，漢人可以馬上組織起類似團練一般性質的武裝力量，或自保，或爭天下。歷朝歷代，以宗族起家的梟雄有很多。可以說，宗族的存在是一把兩刃劍，一方面它能給予漢人自保反擊的力量，另一方面卻牢牢把控了鄉村，使得皇權無法下鄉，中央朝廷無法動員鄉村的人力和物力。
周士相搞建村設鄉，自是想動員漢人的所有力量反清，恢復華夏江山?？墒撬麉s沒考慮到江南的實際情況，這就使得江南各府出現了一個致命的真空，一個不可饒恕的錯誤。這個錯誤導致江南之地在這次動亂中人口銳減了十二萬。
受災最嚴重的就是松江，有四十多處村莊被屠戮一空，男女老少皆被殺害，沒有一個活口。可笑的是，當動亂消息傳來時，松江知府蔣文喚竟然為了安撫教民，不許下面的一些已經行動起來的鄉村保安隊聯合起來反擊，而是要求城外的士紳和教寺代表來官府起誓，誓不參與造反?？傻诙?，城外的教寺就動起手來，殺害了官民男婦三千余人。
華亭有個鄉，一天上午就被殺了五千多人，緊接著教民進攻縣城。城中百姓在官府的組織下進行了頑強抵抗。一個在六房辦差的教民在接到教寺殺人傳貼后，立即稟報知縣，然后回家。他知道教寺不會放過他，于是殺了自己的父母妻兒自盡，事后，華亭縣為他上奏朝廷請祠。因為這個教民的及時報訊，華亭知縣緊急關城才保住了城中十余萬百姓。而下面的九個鄉，卻有四個鄉的漢人被全部殺光。
教民是比漢人有組織，更加團結，初期造成的破壞也大。但真正讓江南上空籠罩在大亂陰云下的卻是那些對太平軍不滿的士紳造反。
松江亂了，蘇州亂了，常州府也亂了，南都附近也亂了，到處都是殺官造反的士紳。
不過，并不是所有的教民都參與了造反，南都最大的教寺清覺寺的經師們就拒絕接受松江教寺的殺人傳貼，他們對教民說，我們也是漢人，不過是信教漢人，世上哪有漢人殺漢人的道理。
江蘇巡撫蔣國柱接到奏報時，嚇得臉都綠了。而在此之前，他剛剛收到軍帥府轉來的公文，要他籌備處置教亂一事。
得知江南大亂后，周士相也是怒火叢生，他在浙江一天也呆不住了，快馬趕回江南處置。江南各地的駐軍也全部出動，開始絞殺暴民。王輔臣作為平亂總指揮，最先趕到松江。從金廈長途拉練的兩個鎮也被立即投入平暴當中，從海路抵達崇明的蘇納一下船就接到了平暴命令，所部第六鎮和水師抽調組建的部隊也迅上岸集結，向著各地撲去。
出提前起事秘令后，納蘭明珠就從趙祥偉府上秘密前往蘇州。只是，在半道的周莊，明珠現自己被包圍了。
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有關彌勒教徒馬某殺妻滅子起事，取自史實改編，本書所有情節都不是骨頭憑空想象。有關教民故事到此為止，不細寫。